สงครามยิ่งดำเนินไปฝ่ายญี่ปุ่นก็ยิ่งเพลี่ยงพล้ำมากขึ้น เมื่อข่าวสถานการณ์ของการรบในพม่าของญี่ปุ่นเลวร้ายลงทุกที ฝ่ายสัมพันธมิตรทำลายแนวป้องกันที่อิรวะดีลงอย่างราบคาบ ประกอบกับการรบในทะเลของกองทัพเรือจักรวรรดิญี่ปุ่นที่เป็นตกฝ่ายเสียเปรียบ อำนาจทางการเมืองของจอมพล ป. ค่อยๆลดลงเนื่องจากประเทศต้องตกอยู่ในภาวะเสียเปรียบเหมือนกลุ่มประเทศอักษะ จอมพล ป. จึงเห็นว่าควรย้ายเมืองหลวงไปเพชรบูรณ์เพราะมีความเหมาะสมที่จะเป็นเมืองหลวงแห่งใหม่ เพื่อเป็นฐานทัพลับเพื่อซ่องสุมกำลังไว้เพื่อรบขับไล่ญี่ปุ่น โดยวางแผนที่จะเข้าร่วมกับฝ่ายสัมพันธมิตรและหันมาประกาศสงครามกับญี่ปุ่น จนกระทั่ง 20 กรกฎาคม 2487 รัฐบาลจอมพล ป.พิบูลสงคราม ได้เสนอพระราชกำหนดระเบียบราชการบริหารนครบาลเพชรบูรณ์ฯ พ.ศ. 2487 ต่อสภาผู้แทนราษฎรเพื่ออนุมัติเป็นพระราชบัญญัติ มีผลดำเนินการอย่างถาวรตลอดไป แต่ในที่สุดสภาผู้แทนราษฎรลงมติไม่อนุมัติด้วยคะแนนเสียง 48 ต่อ 36 ด้วยเหตุผลว่า "เพชรบูรณ์เป็นแดนกันดารภูมิประเทศเป็นป่าเขาและมีไข้ชุกชุม เมื่อเริ่มสร้างเมืองนั้นผู้ที่ถูกเกณฑ์ไปทำงานล้มตายลงนับเป็นพัน ๆ คน...." จอมพล ป. จึงตัดสินใจยื่นใบลาออกจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรี

พันตรีควง อภัยวงศ์หนึ่งในสมาชิกขบวนการเสรีไทยได้รับโปรดเกล้าฯ ให้ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีต่อ เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2487 รัฐบาลของนาย ควง อภัยวงศ์ ได้แถลงนโยบายต่อสภาฯ ว่า “ จะร่วมมือกับฝ่ายญี่ปุ่นโดยใกล้ชิดตามสัญญาพันธกรณีที่ได้มีต่อกันไว้ด้วยดี ” และให้ความร่วมมือกับญี่ปุ่นตามข้อเรียกร้องของญี่ปุ่นทุกประการ แต่รัฐบาลชุดนี้ก็ได้แต่งตั้งบุคคลระดับหัวหน้าใน “องค์กรต่อต้านญี่ปุ่น” เป็นรัฐมนตรีด้วยกันหลายคน และได้ช่วยเหลือการดำเนินงานของขบวรการเสรีไทยอย่างลับๆ นอกจากนั้นผู้นำทางการเมืองและการปกครองสำคัญๆ หลายคนก็ได้เข้าร่วมในองค์การต่อต้านญี่ปุ่น เช่น พลตรีสังวร สุวรรณชีพ และ พล.ต.อ.อดุล อดุลเดชจรัส อธิบดีกรมตำรวจ ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการควบคุมตัว “เสรีไทย” จากสหรัฐอเมริกาและอังกฤษที่เดินทางเข้าประเทศ